Berdasarkan sumber babad bendesa bahwa Desa Negari tergolong desa tua yang dibangun sesudah tahun caka 1541 (tahun 1619 Masehi) oleh sekelompok masyarakat yang berasal dari Sarimertha, Negari dan Tegal besar.
Desa Negari berasal dari kata Negarin dan asal usul Desa Negari adalah mawang Singapadu/Gianyar sebagai utusan negari menjadi pacek/benteng wilayah Gianyar. Kejadian itu kurang lebih 220 tahun yang lalu terdiri dari 60 KK 250 jiwa.
Desa Negari merupakan areal hutan yang bernama hutan tegal besar merupakan wilayah kerajaan klungkung. Menurut sumber diatas, sekelompok masyarakat dari Desa Negari menuju ke arah timur menghadap Raja Klungkung memohon perkenan Beliau untuk memberikan tempat pemukiman. Oleh Raja dianugrahi tempat di hutan yang terletak di sebelah selatan Desa Tegal Besar dan sebelah timur Sarimertha disertai dengan pengikut sebanyak 150 orang. Pada areal hutan mereka membangun pemukiman kemudian membentuk banjar dan dipimpin Bendesa. Kemudian ketiga banjar melebur menjadi satu yaitu satu desa bernama Desa Negari (Monografi Desa Negari, Tahun 2016)